La diferenciación hacia ovario se inicia hacia los tres meses de vida intrauterina. Si bien tradicionalmente se había considerado que, en ausencia del gen SRY (que está en el cromosoma Y), la progónada indiferenciada se diferenciaba espontáneamente hacia ovario, a día de hoy se sabe que para que se dé el completo desarrollo ovárico es necesaria la acción del gen Wnt4, la presencia de dos cromosomas X y también la presencia de células germinales (lo cual no ocurre con el testículo que puede diferenciarse en ausencia de células germinales). Así pues, podría producirse agenesia ovárica que no estuviese causada por la ausencia de progónada, sino por la ausencia de células germinales.

Desde su formación, el testículo ya es una glándula endocrina (productora de hormonas) masculinizante; más aún, en su etapa prenatal el testículo es sólo una fábrica de hormonas masculinizantes y hasta la pubertad, no va a ser una fábrica de gametos masculinos. Por el contrario, el ovario fetal es una fábrica de gametos femeninos y hasta la pubertad no va a ser una fábrica de hormonas feminizantes.

El proceso de meiosis que a partir de las oogonias producirá ovocitos comienza entre las semanas 10ª y 13ª , habiéndose completado hacia los 7-8 meses de embarazo. Al nacer, el ovario contiene ovocitos primarios en el último estadio de la profase, que en su mayor parte permanecen en este estadio hasta la pubertad, donde cada mes, uno a uno, acaban su desarrollo madurativo convirtiéndose en óvulos y abandonando el ovario.

A diferencia de las oogonias femeninas que alcanzan el primer estadio de la meiosis durante la vida fetal, las espermatogonias masculinas, no entran en meiosis hasta llegar a la pubertad, permaneciendo por lo tanto en su estadio inicial durante toda la vida prenatal y la infancia.

La testosterona fetal influye en multitud de variables que están formándose en este periodo prenatal: huellas digitales, formación, morfología y tamaño de los genitales externos, longitud de los huesos, peso y talla, determinadas proporciones corporales (tronco-extremidades, cintura-cadera, longitud de las falanges de los dedos índice y anular)… Además va a afectar a algunas características neurológicas (tanto estructurales como funcionales): densidad del cuerpo calloso, lateralidad hemisférica, competencia empática, habilidad viso-motora, agudeza acústica, destreza espacial,… Y parece ser que, también puede influir en la identidad sexual y en la orientación sexual del deseo. A su vez, esta testosterona fetal va a influir en: la producción y detección feromonal, en la intensidad y naturaleza del deseo, en determinados patrones gestuales,…

En caso de que la gónada se diferencie a ovario, se dan niveles más bajos de testosterona y otros andrógenos en todas las etapas de su vida, pero que sean más bajos no significa que sean inexistentes. También se fabrican andrógenos en las glándulas adrenales y estos andrógenos fetales juegan un importante papel en el desarrollo de los genitales femeninos; de lo cual, por ejemplo, las mujeres poco androgenizadas tienen clítoris y labios menores pequeños mientras que las mujeres muy androgenizadas pueden tener clítoris más grandes.

Tras el nacimiento los ovarios producen un aumento de los estrógenos; fruto de ello, pueden tener una menstruación e, incluso, una ovulación. Posteriormente, el nivel de estrógenos disminuye, permaneciendo particularmente bajo hasta la pubertad. En esos momentos de baja producción, los niveles de estrógenos en quienes tienen ovarios son ocho veces mayores que los que se encuentran en quienes tienen testículos, para la misma edad. Al llegar la pubertad y activarse la producción ovárica, no sólo aumentan los niveles de estrógenos y progesterona sino que también aumentan los niveles de testosterona (cuya producción también fluctúa a lo largo del ciclo menstrual).

Como esta acción androgénica ocurre sobre un precursor ginándrico, produce un continuo sin discontinuidad alguna; por lo tanto no hay saltos ni fronteras entre las diversas formas que los genitales pueden adoptar, dando lugar a un continuo de posibles morfologías más masculinas o más femeninas.

Y será a partir de la morfología de los genitales externos que se realizará la suposición del sexo del recién nacido. A no ser que dicha morfología no resulte claramente masculina ni femenina para quienes pretenden hacer dicha suposición, en cuyo caso buscarán otros indicadores sobre los que realizar dicha suposición.

Si no hubiese influencia testicular alguna: no regresarían los conductos de Müller (porque no habría sustancia antimulleriana) pero sí lo harían los de Wolf (que necesitan de la acción testosterónica para desarrollarse). Esto hace pensar, de nuevo, en una sexuación por omisión gínica; sin embargo, se tiene ya conocimiento de que además son necesarios determinados genes para que se puedan desarrollar los genitales internos femeninos.